质粒除有抗性基因外，往往还带有其他明显的筛选标记，最常用的是蓝白斑筛选（ -半乳糖苷酶系统）。此类载体携带lacZ’基因，它编码β-半乳糖苷酶的N-末端（α-肽），并且处于可被安慰诱导物IPTG（异丙基硫代半乳糖苷，与乳糖结构类似但不能被β-半乳糖苷酶降解）诱导的启动子调控之下。质粒转化的宿主菌为LacZ△M15 基因型（含有编码N-末端缺陷型的β-半乳糖苷酶多肽的基因）。

未重组的质粒转化宿主菌后，在IPTG 的诱导下，质粒与基因组分别表达缺陷但可以相互补偿的两个肽（即α-互补），形成了有功能的β-半乳糖苷酶，该酶能把培养基中无色的X-gal（5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷）底物分解成半乳糖和深蓝色的5-溴-4-氯-靛蓝。

然而当外源DNA 插入质粒位于α-肽编码序列中的多克隆位点时，由于破坏了α-肽的阅读框架，因而不能表达出与宿主菌基因组表达的缺陷型β-半乳糖苷酶多肽发生α-互补。由于没有β-半乳糖苷酶的酶解作用，致使重组菌形成白色菌落。由此，可以借助蓝白斑很容易筛选出重组子.
不过实际操作中发现当插入小片段时，重组子也有形成浅蓝斑的情况.即蓝色菌斑也有可能含外源基因。据最新报道，大概有30%的假阴性.

尽管蓝白斑筛选应用了二十余年，但假阳性和假阴性却经常出现，促使人们不断对分子克隆方法提出改进，并思考着建立新的载体和克隆技术。

但迄今为止，几乎没有一个克隆系统可以保[ ]证不会出现假阳性克隆。Slilaty SN和 Lebel S.研究证明，蓝白斑筛选的载体，通常将插入位点放在LacZ 基因的起始密码子ATG到第 7 个氨基酸密码子之间。

但如果将插入位置改变到LacZ基因的第 11-36 个氨基酸密码子之间，那么就可以完全消除假阳性和假阴性。Genomics One公司正是利用了他们的研究结果开发出TrueBlue技术，同样是蓝白斑筛选，但准确率可达 100%。