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siRNA序列设计法则
(时间:2008-11-21 11:21:43)

RNAi实验的方法有好几种,如果说选择一种最简单、快速的方法,当然是使用化学合成的siRNA(稳转除外),且沉默结果的重复性相比其他方法更好。QIAGEN公司不仅在siRNA序列上拥有先进的设计法则和合成技术,还提供了包括siRNA转染、沉默后结果验证的全套实验工具,可以让大家轻松拿到成功的RNAi结果。
 
QIAGEN公司的siRNA序列设计法则HP OnGuard siRNA Design,是基于全球制药巨头Novartis(诺华制药)的BioPredsi神经元网络算法而开发的,在2005年Dieter Huesken等人就使用BioPredsi算法设计出50,000个siRNA进行全基因组siRNA筛选(发表在Nature Biotechnology上),而且在2007年Olga Matveeva等还通过3,336条siRNA对10种已有的siRNA设计体系做了比较,得出的结论是可靠性BioPredsi > ThermoComposition(Dharmacon)> DSIR.
并且QIAGEN提供的siRNA是通过BioPredsi复杂的运算后进一步经过一系列严格的分析(大致的分析流程如下图)才获得的,这些严格的分析包括:

              
全球最大的siRNA验证项目:在2007年QIAGEN的科学家使用覆盖多个基因家族(激酶、磷酸酶、癌症相关基因等)的几千条siRNA进行了效果验证,大量的数据被用来改进siRNA设计的整个流程。
专利的同源性分析工具:使用最新的序列数据库进行同源性分析,确保siRNA的准确性。 
Affymetrix基因芯片分析:通过全基因组分析结果对siRNA设计进行不断改进,最大程度减少Off-target脱靶效应。
序列稳定性不对称原则:确保反义链有效进入RISC,减少Off-target脱靶效应。
3’UTR区域分析:siRNA反义链的2-7位碱基(seed region)与非目标基因的3’UTR通过类似miRNA的方式进行非特异性沉默,严谨的比对3’UTR/ seed region减少了脱靶效应。
干扰素位点屏蔽:一些序列motifs会引起细胞的干扰素反应,含有这些motif的siRNA会被设计体系剔除。
SNP位点屏蔽:跨SNP位点的siRNA在某些实验中效率可能会下降,因此排除掉这些siRNA可提高siRNA的效率。

QIAGEN已经通过HP OnGuard siRNA Design设计出针对人、小鼠、大鼠全基因组的siRNA, 覆盖了>73,000个基因,称为HP GenomeWide siRNA, 其中>2,100个人类基因的siRNA经过实验验证,称为HP Validated siRNA。通常QIAGEN为每个基因提供4条siRNA针对同一mRNA不同的区域,便于验证沉默效果的特异性,建议实验者选择2条或以上进行实验。
 
siRNA的查找非常简单,只需要在QIAGEN的GeneGlobe数据库中(www.qiagen.com/geneglobe)输入基因名称或Gene ID,即可检索到相应siRNA。
 
siRNA的包装也非常灵活,无论是沉默单个基因(小到1nmol包装),还是做基因家族、全基因组文库筛选(小到0.1nmol包装),还是做体内实验(大量siRNA合成,至克级),QIAGEN都提供相应的产品,价格从几百元起,让每个想做RNAi实验的Lab都能负担得起高品质的siRNA。
 
此外,如果您需要的siRNA在GeneGlobe中检索不到,QIAGEN还提供定制的设计和/或合成服务,其中HP Guaranteed siRNA为100%满意承诺产品。
 
RNAi实验的另一个非常重要的环节就是siRNA的转染,对此QIAGEN提供的HiPerFect试剂专为siRNA转染而设计,已经成功的应用在许多种类型的细胞上,即便是难转染的原代细胞、悬浮细胞也成功的转染过。且比起其它转染试剂,HiPerFect能够在更低的siRNA浓度下进行高效沉默,进一步减少了高浓度siRNA引起的脱靶效应。对于沉默结果的验证,在mRNA水平,QIAGEN还提供全套的快速检测试剂,包括RNA抽提纯化、引物、逆转录、real-time PCR试剂,给您的RNAi实验带来无限方便,更确保了结果的可靠性。

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