标王 热搜: 技术  生物  TNF  FGF  色谱  MIP  试剂  仪器设备  离心机  仪器 
 
  • 匿名
收藏 | 举报 2017-11-01 14:52   关注:49   回答:0

PRM技术常见问题与解答

待解决 悬赏分:5 - 离问题结束还有
1、Q:PRM技术是什么?与蛋白质组学中常用的“鸟枪法”是什么关系?
A:PRM全称Parallel Reaction Monitoring,即平行反应监测,还有另外一个叫法MRMHR。PRM是目前靶向蛋白质组学策略中最常用的蛋白定量技术之一。PRM技术是基于高分辨率质谱发展起来的,通常在Q-TOF或者Q-Orbitrap类型的质谱仪上实现。其基本原理是:四级杆(Q)首先选出的目标肽段离子,进入碰撞室中打碎后,所有的碎片离子经过质量分析器产生一张高分辨的二级质谱图,通过提取其中的碎片离子信息即可实现目标肽段的定量。
“鸟枪法”(Shot-gun)与PRM是两种不同的质谱扫描方式。“鸟枪法”是一种大规模的扫描方式,目标是尽可能多的检测样品中的蛋白,通常有偏向易于检测到丰度较高蛋白的特点,而PRM则是针对特定感兴趣蛋白的扫描方式,目标是实现目标蛋白的精准定量。
2、Q:目标蛋白定量可以用WB来做,为什么要选PRM?
A:对目标蛋白的定量确实两种方法都可以实现,有意思的是PRM也常被称为“质谱领域的WB”。WB是依赖于抗体的检测方法,其效果与抗体的质量、实验操作密切相关,而且严格说来,其基于显色条带亮度的定量只能说是“半定量”。目前市场上抗体质量参差不齐,很多蛋白又没有商品化抗体可以购买,制备单抗周期又长,这些因素很大程度上限制了WB的效果。
PRM则是一种不依赖抗体,基于质谱的靶向定量技术,所以对一些没有抗体的蛋白,以及针对翻译后修饰的蛋白,通过PRM可以很快拿到定量结果。PRM灵敏度高,特异性好,定量范围可达4个数量级以上,实现了真正意义上的蛋白精确定量。另外,通量方面,一次PRM实验可同时对多达几十个蛋白进行同时定量,这也是WB很难达到的。
3、Q:PRM分析流程是怎样的?
A:要做PRM首先要明确目标蛋白(或多肽)是什么,设计和建立针对这些目标蛋白PRM质谱采集方法,然后对待测样品进行PRM数据采集,将得到的原始谱图数据导入分析软件提取子离子信息进行定量。另外,如果配制已知浓度的标准肽段,用PRM额外做一个标准曲线,即可实现绝对定量。
4、Q:PRM技术能应用到哪些方面?
A:研究工作中涉及到蛋白或多肽定量的都可以通过PRM技术来实现。具体说来,比如验证定量蛋白质组学中某些蛋白的变化,多肽的相对和绝对定量,想做蛋白定量却没有抗体,针对蛋白修饰位点的定量,想同时定量多个蛋白的情况等,都可以用PRM来做。
5、Q:关于PRM技术,有没有相关的、较经典的参考文献?
A:(1)The Scheduled MRM Algorithm Enables Intelligent Use of Retention Time During Multiple Reaction Monitoring -Delivering up to 4000 MRM Transitions per LC Run. AB SCIEX Technical Note 0921010-03.
(2)Ruedi Aebersold, Alma L.Burlingame and Ralph A. Bradshaw.Western Blots versus Selected Reaction Monitoring Assays:Time to Turn the Table. Molecular & Cellular Proteomics.September1, 2013, 12 :2381-2382.
(3)Quantitative profiling of protein tyrosine kinases in human cancer cell lines by multiplexed parallel reaction monitoring assays. Molecular & Cellular Proteomics, 2015,14(12):218-24.
(4)Targeted proteomics analysis of protein degradation in plant signaling on an LTQ-Orbitrap mass spectrometer. Journal of proteome research 13, 4246 (2014).
……

 
网站首页 | 广告图文 | 付款方式 | 关于我们 | 版权隐私 | 联系方式 | 诚聘英才 | 网站地图 | 排名推广 | 广告服务 | 积分换礼 | 网站留言 | RSS订阅 | 京ICP备05052705号
Powered by DESTOON